Deltabox V + EX-UPx2
从初代R1采用Yamaha摩托车厂专利设计的铝合金Deltabox Ⅱ车架，经过连番改良与强化，完成今天的Deltabox V车架，令R1的结构更扎实。车架骨杆的宽度被减少了，能提供更佳的操控性，后轮摇臂加强刚性，提高了30%，使Deltabox V整体布局紧凑之余又达到轻量化。EX-UP的开发主要为照顾发动机全域表现，提供瞬间爆发的特性，第4代R1配置BiEx-Up系统，即双排控设计，令她在8000r/m时车子即时有像开动涡轮增压装置的爆炸性表现，而且反应敏锐，低转扭矩也明显提升，有效改善油门的操控，令她在闹市中行驶更加自然。
更RACING的发动机
全新设计的998ml水冷四冲程4汽缸20气门发动机，功率提升到126.51kW，更大功率的背后，就是在发动机内部进行改造，把YAMAHA在赛车场上的专业技术和材料搬到R1上。首先压缩比提高至12.4比1，另外曲轴和锻造的活塞被减轻了重量，加上曲轴活塞连杆也短了7.5mm，使发动机整个运作行程缩短了，缸径及冲程由旧有的74×58mm缩减为现有的77×53.6mm，因此发动机推向了更高速的运转能力。R1的电子燃油喷注系统改用更快速的32-BIT行车电脑，使整个计算运作过程更精确更快速，体积方面更比旧款收窄了27mm。
Direct Ram-Air
2004版R1采用完全直接Ram-Air进风设计，风鼓布局已摆脱以往的配置模式，旧有seat位下的风鼓设计，车子要达到某指定速度才可发挥Ram-Air作用，崭新的风鼓已迁移至油缸前端，令车子完全发挥Ram-Air特性。以一台水冷式988ml四冲程并列4汽缸DOHC 20气门发动机，再无需以高速冲刺便能达到预期效果，发动机可以
提早爆发最高功率，此乃赛道上的致胜元素。为配合功率的增幅，从原有的一对298mm浮动式钻孔盘变身成为320mm的同类设计，原厂已采用意大利名牌Brembo16mm直压式手泵，“一体式”4活塞油压对向卡钳，这设计一直相当讨好，其稳定性从初代沿用至今，无需考虑改动。全新的五柱式合金式轮圈也较上代轻，前轮轻了10%，尾轮轻了7.5%，同时车身也大量采用中空轻身飞机螺丝及更轻的电池，再配合各方面的纤体行动，令新车的车重达到前所未有的172kg。
Billy试车感受
明显修身的油缸末端配合Deltabox V车架设计，令操控更凌厉。前座座垫经厂方纤体后，令坐姿更觉舒适。偏后的高置脚踏与修长的变速杆连杆提高车子的运动性与明快准确的转档过程，若与上一代R1比较，她的低扭线性柔韧，起步过程自然，近齿轮变速箱乃同类产品的取向。虽然是一辆Superbike，但在城市行驶4-6档
也见流畅，并未因为她的身份而作出刻意迁就，刹车与操控性是此车改良的精髓项目。43mm倒立前叉设全方位预调已相当成熟，多连杆式铝合金尾摇臂的“拱桥式”加强杆已改为倒置式，配合四出二后排式排气管设计。4枚高聚焦设计的水晶车头灯加上两旁的小灯，有效加强夜间行车的照明，钻石形LED尾灯已成为潮流产品。时尚的多功能LCD表板，中置式原厂Damper算是厂方送给用户的小礼物，第二代的电子燃油喷注系统令燃烧过程更乾净利落，同时带来相当方便的调校，只要一部指定的手提电脑和软件便可。
规格表
全长：2,065mm 全阔：720mm 全高：1,105mm 轴距：1,395mm
座位高度：835mm 最低离地距：135mm 净重：172kg 油箱容量：18L
引擎型式：水冷四冲程并列4汽缸DOHC 20活门 缸径x冲程：77 x 53.6mm
容积：748c.c. 压缩比：12.4:1 最大马力：172ps/12,500rpm
最大扭力：10.6kg-m/10,500rpm 供油系统：电子燃油喷注系统
点火：TCI数码电子 起动：电挞 传动系统：湿式多片6前速
驱动模式：练条 车架：铝合金Deltabox V
悬挂：（前）43mm倒立前叉 （后）单筒式油压弹簧设氮气辅助
掣动：（前）一对320mm浮动式□孔碟 （后）220mm钻孔碟
轮胎：（前）120/70 ZR17 （后）190/50 ZR17
